Localización 

Este municipio se localiza al Noroeste del Estado de Querétaro, entre los 20° 31’ y 20° 58’ de latitud Norte. Su longitud se halla entre los 100° 09’ y los 100° 24’ del Oeste. La Cabecera Municipal, La Cañada, tiene una altura sobre el nivel del mar de 1 850 msnm y se ubica a 7 km de la Capital del Estado. El municipio de El Marqués limita al Oeste con el municipio de Querétaro, al Norte con el estado de Guanajuato, al Este con el municipio de Colón y al Sur con los municipios de Huimilpan y Pedro Escobedo. 

Extensión 

Su extensión territorial es de 787.4 km², que representa el 6.7% de la superficie total de la entidad, ocupando el quinto lugar de extensión. 

Orografía 

La mayor parte de este municipio contiene planicies con buenas tierras para la agricultura delimitadas al Norte por estribaciones montañosas de la Sierra Madre Oriental y al Sur por las de la Sierra Madre Occidental; cuenta con algunos cerros de importancia histórica o turística pero de poca altura. Además está situado en el comienzo del parteaguas, no sólo de la República sino del mismo Continente Americano. 

Hidrografía 

En materia hidrológica, el 97.17% de la superficie municipal se ubica la región hidrológica Lerma-Chapala-Santiago, en la cuenca del río Laja y de la subcuenca del río Apaseo. El 2.83% se inserta en la región Pánuco, en la cuenca del río Moctezuma y en la subcuenca del río Extoraz. Cuenta con corrientes de agua tales como: Querétaro, Pinal del Zamorano, Chichimequillas, Grande y El Pinal, entre otras. Dispone de los siguientes cuerpos de agua: presa las Palmas, presa Rayas, presa Nueva, presa El Carmen, bordo San José, bordo Colorado y bordo La Machorra.
 
Clima 

El clima predominante es el subtropical de altura: templado-semiseco en el 80% del municipio y templado-húmedo en el 20% restante. La temperatura media anual está comprendida entre los 18 y los 24°C, mientras que la temperatura del clima templado-húmedo oscila entre los 14 a los 16°C. La precipitación pluvial registra de 400 a 500 milímetros cúbicos y los vientos dominantes son de Noreste a Suroeste. Principales Ecosistemas 

Flora 

En cuanto a la vegetación, según las características de suelo, cerca de los arroyos podemos encontrar árboles frutales, cedros, fresnos, oyameles y carrizales. En las zonas planas podemos apreciar mezquites, huizaches, pirules y palos bobos. En las zonas donde escasea el agua encontramos gran diversidad de cactáceas y en una reducida zona del municipio hay árboles de pino, cedro rojo, encino, pingüica y piñón.
 
Fauna 

Los animales más abundantes son: coyote, lobo, zorra, liebre, conejo, tuza y tlacuache. Entre los reptiles existen: alicante, cascabel, chirrionera, coralillo y culebra. También hay lagartija, araña y alacrán. Entre las aves: águila, zopilote, gavilán, codorníz y paloma, así como depredadores como el cuervo, la urraca y el tordo. Temporalmente llegan aves migratorias como: garza, grulla, pato y golondrina. 

Recursos Naturales 

Este municipio cuenta con yacimientos de cantera rosa, piedra para grava, minas de arena, bancos de tepetate y minas de tezontle. Características y Uso del Suelo El municipio cuenta en su mayoría con suelos de tipo vertisol pélico. Éstos presentan como característica común un gran contenido en materia orgánica, base de su carácter altamente productivo. De los 787.4 kilómetros cuadrados que constituyen el territorio total del municipio, el 32% tiene capacidad para la producción agrícola; de este porcentaje, el 18.7% corresponde a temporal y el 13.3% se destina para riego. Para uso pecuario existe el 64.9%, y para otros usos el 3.1% restante.

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